A megújult múzeum négy részlegből áll. Az első és bevezető terem a Károlyi szoba a helytörténeti kiállítással. A második az „Oroszországból hazaérkezett könyvek” terem értékes ősnyomtatványokkal. A harmadik az Egyházművészeti terem, ahol a gönci gyülekezet úrasztali kellékei mellet a környékbeli gyülekezetek egyházművészeti ritkaságait is kiállítottuk. A negyedik terem különböző fordítású és nyelvű bibliákkal, interaktív kiállítási alkalmazásokkal segíti a látogatott a kiállítás megértésében.

Gönc város évszázadok során átélt szenvedései közepette is megtartotta Isten iránti hűségét, Krisztusba vetett hitét. Gönc lakosai – a felvidéki városokhoz hasonlóan – először Luther tanait fogadták el. Az először német ajkú város egy generáció alatt vette át a református vallás alapjait és a magyar nyelvet egyaránt. Helytörténeti teremben Gönc város életét és a Református gyülekezet viszontagságokkal teli történetének megismerését segíti a tárlókban elhelyezett dokumentumok és tárgyak.

A Sárospataki Református Kollégium Nagykönyvtárából kiválogatott majd a második világháború végén elhurcolt 172 kötet, hosszú diplomáciai erőfeszítések végeredményeként 2006-ban kerültek vissza Sárospatakra. A könyvek visszaadásának emléket állítva láthatók a második teremben kiállításra kiválogatott ősnyomtatványok és bibliák.

Gönc református gyülekezetének, az Abaúji Egyházmegyének, A Tiszáninneni Református Egyházkerületének egyházművészeti ritkaságait, kincseit ismerteti meg a látogatókkal. A terítők többsége a Gönci gyülekezet felbecsülhetetlen értékű úrihímzéses úrasztali terítőinek darabjai. Láthatjuk  Sathmáry Király Klára úrasztali terítőjét, melyet a zilizi gyülekezetnek adományozott, és  Máriássy Krisztináét, melyet a hangácsi eklézsiának készített. Kiállítottunk egy török terítőt, mely a hernádszurdoki gyülekezettől került a múzeumi gyűjteménybe. Az úrasztali edények különböző anyagokból készültek: aranyozott vörösréz; aranyozott ezüst; ezüst; ón; cserép. Bármilyen anyagból készültek is, hűen tükrözik a gyülekezeti tagok egyházuk iránti hűségét, adakozó kedvét.

Az egyházművészeti teremből lépcső vezet fel a biblia kiállításnak otthont adó 140 m² alapterületű emeletre. A kiállítás harmonikusan ötvözi a hagyományos, nyomtatott Biblia bemutatását a 21. századi igényeit kielégítő modern, interaktív megjelenítést, segítve ez által is a Szentírás minél hatékonyabb megismerését.

Kiállítás azt a célt hivatott szolgálni, hogy megmutassa mindenkinek a biblia évezredeken átívelő feladatát. Az általa hordozott üzenetet, ami a mai változó világban változatlan marad, hogy bár legyen pergamen, kódex, könyv, festmény, metszet vagy digitális adathordozó, a benne fellelhető üzenet ugyanaz marad. Az üzenet mely segít mindenkinek, aki befogadja azt.